Sejarah berdirinya Badan Narkotika Nasional merupakan sejarah perjuangan panjang di Indonesia. Kesiapan penanggulangan masalah penyalahgunaan Narkotika dan kelembagaannya secara bertahap mengiringi perkembangan Indonesia. Dimulai dengan ditunjuknya Kepala Badan Koordinasi Intelligen Nasional (BAKIN) pada tahun 1971 oleh presiden untuk menangulangi penyalahgunaan narkoba, dilanjutkan dengan dibentuknya Badan Koordinasi Narkotika Nasional (BKNN) pada tahun 1999 yang menjadi cikal bakal lembaga negara yang khusus mengurusi permasalahan narkotika. Dan, kemudian beralih menjadi Badan Narkotika Nasional (BNN) pada tahun 2002, berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2002 tentang Badan Narkotika Nasional, BKNN diganti dengan Badan Narkotika Nasional (BNN), meskipun pada saat itu terbatas kewenangannya.

Pada saat itu, BNN belum seperti saat ini. BNN baru sebagai lembaga forum yang mengoordinir 25 instansi pemerintah terkait dengan kewenangan yang terbatas. BNN dinilai tidak dapat bekerja optimal dan tidak akan mampu menghadapi permasalahan narkoba yang terus meningkat dan makin serius, karena ketiadaan struktur kelembagaan yang tegas dan hanya bersifat koordinatif. Lantas pada tahun 2007, BNN memiliki kewenangan operasional sekaligus jangkauan kinerja di daerah, hal ini didasarkan dari PP nomor 84 Tahun 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Provinsi (BNP) dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota (BNK). BNN bersama BNP dan BNK bekerjasama dalam permasalahan narkoba dengan sebagai mitra kerja dan tidak mempunyai hubungan struktural-vertikal dengan BNN.

Begitu juga dengan wilayah Kota Tual yang pada saat itu masih berdiri BNK. BNK Tual bersifat mitra kerja tingkat daerah dengan BNN Pusat dan bukan bersifat struktural-vertikal, karena garis koordinasi masih dibawah Pemda Kota Tual. Seorang pegawai Pemkot Tual mendapatkan perintah untuk mengepalai BNK Tual, yang sebelumnya Drs. Melianus Hommi dan diteruskan oleh Drs. Abdul Hamid Raharusun, M.Si. Kemudian, Bapak Drs. Hamid Raharusun, M.Si lah yang memimpin transisi keorganisasian dari BNK Tual menjadi BNN Kota Tual pada Tahun 2012, beserta perubahan instansi yang langsung di bawah BNN Pusat.

Pada tahun 2009, terbitlah Undang-Undang nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika dan ditegaskan kembali melalui Peraturan Presiden nomor 23 Tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional menjadi dasar berdirinya BNN, yang didalamnya juga membahas BNN Provinsi dan BNN Kota/Kabupaten sebagai instansi vertikalnya.  Status kelembagaan BNN menjadi Lembaga Pemerintah Non-Kementrian (LPNK) dengan struktur vertikal ke Provinsi dan kabupaten/kota. Dan semakin disempurnakan dengan Peraturan Kepala BNN Nomor 6 Tahun 2020 tentang Perubahan Keenam atas Peraturan Kepala BNN Nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja BNN Provinsi dan BNN Kota/Kabupaten.

Badan Narkotika Nasional (BNN) Kota Tual berdiri pada Tahun 2012 dan dikepalai oleh Drs.  Abdul Hamid Raharusun, M.Si, dia memimpin dari awal berdirinya Tahun 2012 hingga Juni 2013. Kantor awal BNN Kota Tual bertepat di Jalan Baldu Wahadat, Kota Tual (depan Lanal Tual) dengan status kontrak. Kemudian estafet kepemimpinan berpindah ke Drs. M. Kasim Latuconsina sebagai Pelaksana Tugas sementara Kepala BNNK Tual sejak Juni hingga Desember 2013, menggantikan Drs. Abdul Hamid Raharusun, M.Si ketika kembali ke Pemkot Tual. Tepat 1 Januari 2014, diangkatlah Drs. Addnan Tamher, M.Si sebagai Kepala BNNK Tual definitif yang baru dan menggantikan Drs. M. Kasim Latuconsina sebagai Pelaksana Tugas. Kemudian pada tanggal 11 November 2014 Kantor BNNK Tual telah resmi berdiri dengan disahkan oleh Kepala BNN RI dan Walikota Tual. Kantor BNN Kota Tual berlokasi di jalan Utan Tel Timur/Poros Ohoitel, Kel. Lodar El, Kec. Pulau Dullah Selatan, Kota Tual dengan status tanah pinjam pakai dari Pemkot Tual dan bangunan milik BNN.

Namun tepat pada Agustus 2021, Drs. H. Addnan Tamher dipindahtugaskan kembali ke Pemkot Tual dan menjabat sebagai Kepala BKPSDM Kota Tual. Sehingga saat ini, terjadi kekosongan kepala dan melalui surat  Sprin/3060/VIII/KA/KP.05.00/2021/BNN menunjuk AKP La Ode Arif Jaya selaku Kepala Seksi Pemberantasan BNN Kota Tual untuk menggantikan kepemimpinan sebagai Pelaksana Tugas Kepala BNN Kota Tual per tanggal 31 Agustus 2021.